Nel 2006 la WADA fece scattare la famigerata Operacion Puerto, una tra le operazioni di smascheramento doping più importante realizzata dall’ente negli ultimi anni. In molti furono inquisiti e squalificati (Basso, Valverde e Ullrich su tutti) per un totale di 200 persone indagate. Lo scandalo fece rumore e scalpore: sequestrate ben 211 sacche di sangue dalla Guardia Civil e ci furono arresti di spicco come il medico Eufemiano Fuentes e il direttore sportivo della Comunidad Valenciana Josè Ignacio Labarta. Da quel maggio del 2006 ad oggi molti sono i quesiti irrisolti, soprattutto nascosti sono i nomi e l’elenco completo delle sostanze usate.
L’ex direttore della WADA David Howman al quotidiano As lancia una vera e propria bomba. L’ente antidoping è già a conoscenza di tutti gli atleti del dott. Fuentes, ma non può procedere a causa di problemi legali: “la WADA conosce i nomi degli atleti che erano clienti del dottor Fuentes, ma è ancora in attesa di pubblicare i nomi. Il team legale della World Anti-Doping Agency sta esaminando il dossier e valutando ogni aspetto prima pubblicare i nomi, senza poi essere oggetto di azioni legali. La gente vuole sapere i nomi degli atleti coinvolti, ma ci sono problemi legali che devono essere affrontati. Lo stiamo facendo perché l’Operacion Puerto va finalmente chiusa, perché abbiamo bisogno di sapere cosa è successo in modo che non possa ripetersi in futuro”.